D’après les textes, le documentaliste n’a pas la charge de la gestion des manuels scolaires et n’apporte donc qu’une aide ponctuelle éventuelle.

La répartition des rôles devrait être la suivante :
L’intendant gère les manuels
Le prêt se fait « sous l’autorité du chef d’établissement et sous la garde et la surveillance du censeur, du directeur des études, du sous-directeur ou d’un surveillant général dans les établissements où ces emplois existent ».
Les manuels sont distribués par les professeurs principaux.

Deux textes évoquent la question :
La circulaire de missions de 1986 (RLR 523-3b) et l’article 572-0 du RLR

Circulaire de missions de 1986 (BO n°12 du 27 mars 1986)

« (...) il [le documentaliste] apporte l’aide de ses compétences techniques aux responsables du foyer socio-éducatif et aux professeurs chargés du prêt des manuels scolaires ».

Les compétences techniques des documentalistes concernant souvent davantage les outils documentaires que la manutention...

Article 572-0 du RLR

Le prêt :
« Le service de prêt fonctionne sous l’autorité du chef d’établissement et sous la garde et la surveillance du censeur, du directeur des études, du sous-directeur ou d’un surveillant général dans les établissements où ces emplois existent. Le fonctionnaire désigné prend en charge l’ensemble ouvrages et matériels remis par l’intendant dans les établissements nationaux et par le chef d’établissement dans les autres établissements. Si l’établissement possède un service de documentation et d’information pédagogiques, le documentaliste apporte son aide à l’adjoint du chef d’établissement pour organiser et assurer le bon fonctionnement du service de prêt. (...) »

« La mission de distribuer les ouvrages prêtés aux élèves est confiée au professeur principal et doit être effectuée dès les premiers jours de l’année scolaire. »

Ramassage et amendes :

– Ramassage
Rien n’est prévu dans les textes sur le ramassage des manuels en fin d’année. Logiquement, cette tâche devrait revenir à ceux qui ont assuré la distribution, c’est-à-dire les professeurs principaux. Le documentaliste apporte simplement son aide.
– Amendes
La personne qui établit l’état de retour des livres, donc le professeur principal aidé éventuellement de la documentaliste, doit établir une liste des élèves devant payer une amende et la transmet à l’intendant.

Texte élaboré à partir d’une étude plus approfondie consultable en ligne sur ce site :
http://www.snes.edu/docs/documents/manuels.pdf

Voir aussi une proposition de réponse en cas de litige :
http://www.snes.edu/docs/spip/article.php3?id_article=58